Wer von Hand in einem Eclipseprojektordner herumdoktort kann sehr schnell einen "Resource is out of sync with the file system" -Fehler bekommen. Um dieses Problem wieder aus der Welt zu schaffen, genügt es einfach das entsprechende Projekt im Package Explorer zu "refreshen". Danach sollte wieder ein "normales" Arbeiten mit Eclipse möglich sein.
Danke!!!